Publikasjon

Tittel Kvalitetssikring av metodikk og kalibrering av genetiske data fra jervekskrementer
Undertittel
Forfattere Flagstad, Ø.
År 2007
Kilde NINA Rapport 260: 29 pp.
ISBN, ISSN 978-82-426-1822-1
Referat

Genetiske analyser er de siste årene blitt implementert som et viktig verktøy i rovviltovervåkingen. I særlig grad er det DNA-analyser av rovdyrekskrementer som har ekspandert voldsomt, og disse teknikkene brukes i dag i en eller annen form for alle våre fire store rovdyrarter. Resultatene av analysene har gitt forvaltende myndigheter en bedre forståelse av bestandsstørrelse, reproduksjon, populasjonsstruktur og immigrasjon. Enda bedre utbytte vil en imidlertid ha av disse dataene dersom en kan kombinere data generert ved ulike laboratorier. Dette er ikke uten videre uproblematisk siden de genetiske rådataene, som for eksempel mikrostaelitter, vil tolkes noe ulikt mellom laboratorier. Dette skyldes små forskjeller i analysemaskineriet ved de ulike laboratoriene. Vi initierte derfor et pilotprosjekt der vi ville se på muligheten for kalibrering av genetiske data. Vellykket kalibrering vil sikre kompatibilitet av data produsert ved ulike laboratorier, og at datasettene således kan kombineres i fremtidige analyser. En annen viktig målsetning var å kvalitetssikre nåværende ”state-of-the-art” metodikk for genotyping av ekskrementer ved NINAs genetiske laboratorium. Prosjektet ble gjennomført ved å reanalysere et relativt stort antall jervekskrementer som tidligere var analysert i Uppsala, for deretter å vurdere kompatibiliteten av datasettene fra de to ulike laboratoriene. Kvaliteten på analysene var gjennomgående god. Suksessraten for fungerende prøver og feilprosenten i enkeltreplikater lå omtrent på samme nivå som for tilsvarende materiale analysert i Uppsala. Vi konkluderer med at nøyaktig oppfølging av forhåndsdefinerte regler for akseptering av genotyper og tilstrekkelig mange replikater vil gi svært høy sannsynlighet for at den endelige DNA-profilen for hver enkelt prøve blir korrekt. En kalibreringsnøkkel ble laget på bakgrunn av fem prøver som var analysert både på NINA og i Uppsala. Prøvenes DNA-profiler viste at allelstørrelsene produsert på NINA måtte justeres noe opp eller ned for de fleste markører for å være kompatible med dataene som tidligere var produsert i Uppsala. Ytterligere 38 prøver som var analysert i Uppsala ble inkludert i analysen, og dataene ble automatisk justert i henhold til kalibreringsnøkkelen. Samtlige prøver hadde identiske DNA-profiler mellom de to laboratoriene etter justering. Resultatene viste på en overbevisende måte at nøyaktig kalibrering av genetiske data fra flere ulike laboratorier er mulig dersom man har et felles referansemateriale. Ut fra analysene som er gjennomført i denne pilotstudien er det ingen grunn til å tro at datakalibreringen vil være mer problematisk for de andre rovviltartene våre. Dette fordi de skandinaviske bestandene for alle de fire artene av store rovdyr har et relativt begrenset og oversiktlig sett med alleler for hver av markørene som er i bruk i dag. Vi ser derfor meget optimistisk på opprettelsen og bruken av en felles database over genetiske data for rovvilt i Skandinavia, og er overbevist om at kalibrerte data fra ulike laboratorier kan kombineres i fremtidige analyser.
Oppdragsgiver Direktoratet for naturforvaltning.

Kontakt

Norsk institutt for naturforskning
Biblioteket
N-7485 TRONDHEIM
  Tlf. +47 404 69 176
  Fax. +47 73 80 14 01
  e-post: biblioteket@nina.no